Penyebab hilangnya spesies endemik sangat kompleks dan beragam, dan di antaranya adalah:
- Modifikasi habitat, degradasi dan hilangnya habitat akibat kolonisasi dan pembukaan kawasan hutan untuk pemukiman atau perluasan pertanian komersial, kebakaran, tekanan manusia dan hewan, dll.
- Eksploitasi berlebihan, terutama untuk tujuan komersial (dan seringkali ilegal) seperti daging, bulu, kulit, organ, obat-obatan, dll.
- Introduksi spesies eksotik secara tidak sengaja atau disengaja yang dapat mengancam flora dan fauna asli secara langsung melalui predasi atau kompetisi.
- Pencemaran (udara dan air) menggarisbawahi ekosistem, salah urus limbah dan pertanian mengancam sistem ekosistem darat dan perairan.
- Peningkatan suhu permukaan global dari 2°C menjadi 6°C (pemanasan global).
- Kemungkinan alasan lain hilangnya spesies adalah penggunaan bahan kimia pertanian dan pestisida yang buruk, populasi manusia yang berkembang pesat, distribusi lahan yang tidak adil, kebijakan dan kendala ekonomi dan politik.