Lisosom berfungsi untuk merusak/menghancurkan materi yang masuk ke dari luar sel, menghancurkan patogen mencerna makanan, daur ulang organel yang rusak, dan berperan dalam perkembangan embrio pada hewan.
Beberapa organisme uniseluler mencerna partikel makanan yang kemudian dibongkar secara enzimatis di dalam lisosom, dan nutrisi hasil pencernaan akan dilepaskan ke dalam sitosol.
Pada sel fagositik mamalia, seperti makrofag dan neutrofil, berfungsi untuk mencerna mikroorganisme berbahaya. Pencernaan bakteri atau mikroorganisme tersebut diaktifkan pada pH rendah dari lisosom dan kemudian dicerna secara enzimatik.
Lisosom juga mempunyai peran dalam pergantian organel, yang mengatur perusakan serta penempatan organel sel itu sendiri, disebut autofagi.
Selama proses ini berlangsung, sebuah organel seperti mitokondria akan diselubungi oleh membran ganda yang merupakan derivat dari sisterna RE. membran RE kemudian bergabung degan lisosom untuk membentuk autofagolisosom.
Ketika proses autofagolisosom selesai, organel yang dicerna dikeluarkan sebagai residual body. Berdasarkan tipe dari sel yang bersangkutan, isi dari residual body dikeluarkan dari dalam sel secara eksositosis atau disimpan di dalam sitoplasma disebut lipofuscin granulLipofuscin granule akan meningkat jumlahnya seiring penambahan umur sel.
- Mencerna materi yang diambil secara fagositosis. Misalnya pada sel-sel leukosit dan sel-sel makrofag.
- Autofagi adalah proses penyingkiran struktur yang tidak digunakan lagi. Misalnya organel- organel yang tidak digunakan.
- Autolisis adalah penghancuran diri sel dengan cara membebaskan semuaenzim dalam lisosom. Misalnya berudu yang menghancurkan ekornya.
- Eksositosis adalah pembebasan enzim keluar sel. Misalnya pada proses perubahan tulang rawan menjadi tulang keras.
Fungsi utama dari badan Golgi adalah bertanggung jawab untuk menangani makromolekul yang diperlukan untuk fungsi sel yang tepat. Proses dan paket makromolekul ini untuk digunakan dalam sel atau sekresi.
Selain itu, badan Golgi berfungsi memodifikasi protein yang diterima dari retikulum endoplasma kasar, namun juga mengangkut lipid ke bagian penting dari sel dan menciptakan lisosom. Sebagai bagian dari sel eukariotik, badan Golgi bekerja berbarengan dengan sistem endomembran.
Fungsi lain dari badan Golgi termasuk produksi glikosaminoglikan, untuk membentuk bagian dari jaringan ikat. Badan Golgi akan menggunakan link xylose untuk polimerisasi glikosaminoglikan ke protein untuk membentuk proteoglikan.
Kemudian melakukan sulfasi ke proteoglikan untuk membantu kemampuan sinyal dan memberikan molekul muatan negatif.
Gen Bcl-2 yang terletak dalam badan Golgi juga memainkan peran penting dalam mencegah apoptosis, atau penghancuran sel.