Tidak mengherankan, ahli biologi juga mengklasifikasikan organisme ke dalam kategori yang berbeda sebagian besar dengan menilai tingkat kesamaan dan perbedaan yang mereka lihat. Asumsinya adalah bahwa semakin besar tingkat kesamaan fisik, semakin dekat hubungan biologisnya.
Prinsip klasifikasi makhluk hidup adalah metode ilmiah untuk mengklasifikasi organisme sesuai dengan hubungan alam dengan cara yang terstruktur. Dalam biologi dan zoologi, struktur hirarkis biasanya, dimulai dengan “kerajaan” dan bekerja ke bawah untuk “spesies.”
Saat menemukan organisme yang tidak dikenal, para peneliti memulai klasifikasi mereka dengan mencari fitur anatomi yang tampaknya memiliki fungsi yang sama dengan yang ditemukan pada spesies lain.
Langkah selanjutnya adalah menentukan apakah kesamaan itu disebabkan oleh perkembangan evolusi yang independen atau karena keturunan leluhur yang sama. Jika yang terakhir adalah kasusnya, maka kedua spesies tersebut mungkin terkait erat dan harus diklasifikasikan ke dalam kategori biologis yang sama atau hampir sama.
Homolog adalah fitur anatomi, organisme yang berbeda, yang memiliki penampilan atau fungsi yang sama karena mereka diwarisi dari nenek moyang yang sama yang juga memilikinya. Misalnya, kaki depan beruang, sayap burung, dan lengan Anda memiliki jenis tulang fungsional yang sama dengan nenek moyang reptil kita. Karena itu, tulang-tulang ini adalah struktur homolog. Semakin banyak homologi yang dimiliki dua organisme, semakin besar kemungkinan mereka memiliki hubungan genetik yang erat.
Bisa juga ada persamaan struktural nonhomolog antara spesies. Dalam kasus ini, leluhur bersama tidak memiliki struktur anatomi yang sama dengan keturunannya. Alih-alih, kemiripan tersebut disebabkan oleh perkembangan independen dalam garis evolusi yang sekarang terpisah. Kesamaan yang menyesatkan seperti itu disebut homoplasi. Struktur homoplasti dapat merupakan hasil paralelisme, konvergensi, atau kebetulan belaka.
Paralelisme, atau evolusi paralel, adalah perkembangan evolusi yang serupa di garis spesies yang berbeda setelah divergensi dari nenek moyang yang sama yang tidak memiliki karakteristik tetapi memiliki fitur anatomi awal yang mengarah ke sana.
Sebagai contoh, beberapa monyet Amerika Selatan dan Afrika mengembangkan ukuran tubuh yang relatif besar secara terpisah satu sama lain. Nenek moyang mereka yang sama adalah monyet yang jauh lebih kecil tetapi sebaliknya mengingatkan pada spesies keturunan selanjutnya. Rupanya, alam dipilih untuk tubuh monyet yang lebih besar di kedua benua selama 30 juta tahun terakhir.
Konvergensi, atau evolusi konvergen, adalah pengembangan fitur anatomi yang serupa dalam garis spesies yang berbeda setelah divergensi dari nenek moyang yang sama yang tidak memiliki sifat awal yang menyebabkannya. Nenek moyang yang sama biasanya lebih jauh dalam waktu dibandingkan dengan paralelisme.
Penampilan dan perilaku predator yang serupa dari serigala Amerika Utara dan serigala Tasmania (thylacine) adalah contohnya. Yang pertama adalah mamalia plasenta seperti manusia dan yang terakhir adalah marsupial Australia seperti kanguru.
Nenek moyang mereka yang sama hidup pada zaman dinosaurus 125 juta tahun yang lalu dan sangat berbeda dari keturunan saat ini. Faktanya, ada sejumlah marsupial Australia lainnya yang merupakan contoh mencolok dari evolusi konvergen dengan mamalia plasenta di tempat lain.
Paralelisme dan konvergensi dianggap terutama disebabkan oleh garis spesies terpisah yang mengalami jenis tekanan seleksi alam yang sama dalam periode waktu yang lama.
Analog adalah fitur anatomi yang memiliki bentuk atau fungsi yang sama pada spesies yang berbeda yang tidak memiliki nenek moyang yang sama. Misalnya, sayap burung dan kupu-kupu adalah struktur analog karena bentuk dan fungsinya mirip. Kedua garis spesies yang sangat berbeda ini memecahkan masalah turun dari tanah dengan cara yang sama.
Namun, sayap mereka sangat berbeda di dalam. Sayap burung memiliki kerangka internal yang terdiri dari tulang, sedangkan sayap kupu-kupu tidak memiliki tulang sama sekali dan tetap kaku sebagian besar melalui tekanan cairan. Analogi mungkin disebabkan oleh homologi atau homoplasi, tetapi leluhur bersama, jika ada, tidak diketahui.