Fungsi utama kerongkongan adalah untuk mengangkut makanan dan cairan dari faring ke lambung, mencegah difusi pasif zat dari makanan ke dalam darah dan untuk mencegah refluks isi lambung ke kerongkongan.

Makanan diangkut dari faring ke perut oleh kontraksi peristaltik terkoordinasi yang dimulai di kerongkongan atas, yang untuk sementara mengikuti gelombang penghambatan yang menurun. Kontrol LES sangat penting untuk fungsi esofagus.

Pemeliharaan tonus sfingter diperlukan untuk mencegah refluks isi lambung, yang berada di bawah tekanan positif relatif terhadap kerongkongan karena lokasinya di rongga peritoneum.

Selain mengangkut makanan dan cairan, kerongkongan juga memiliki peran lain dalam tubuh, diantaranya:

• Mengirim makanan dari mulut ke lambung untuk dicerna
• Menghasilkan gerak peristaltik
• Mencegah makanan dan cairan lambung (empedu dan getah lambung) kembali ke mulut