Runtuhnya Kerajaan Samudera Pasai ini diakibatkan beberapa pengaruh internal dan eksternal. Internal kerajaan sebelum masa keruntuhan sering terlibat pertikaian antar keluarga kerajaan. Perebutan kekuasaan dan jabatan kerap terjadi. Perang Saudara dan pemberontakan tidak bisa dihindari. Selain Tidak adanya tokoh yang cukup cakap untuk menggatikan Sultan Iskandar muda
Selanjutnya faktor penyebab kemunduran kerajaan samudra pasai disebabkan oleh kekalahan Aceh melawan Portugis di Malaka dalam perang tahun 1629 membawa korban jiwa dan harta benda serta kapal-kapal yang cukup besar
Selain itu, daerah taklukan banyak yang melepas diri seperti Johor,Perlak,Pahang,Minagkabau, dan Siak