Pemberontakan APRA diawali dari pembentukan APRIS yang menimbulkan ketegangan antara TNI dan bekas tentara KNIL ditambah dengan pertentangan politik antara kelompok yang ingin mempertahankan bentuk negara bagian (yang didukung pihak APRA yang terdiri dari bekas tentara KNIL) dan kelompok yang menginginkan negara kesatuan (didukung oleh TNI).