Selama munculnya berbagai pemberontakan di daerah-daerah tertentu timbul pula pergolokan hebat. Pokok persoalanya adalah adanya rasa tidak puas dan tidak percaya kepada pemerintah pusat. Mereka melakukan gerakan yang melawan hukum, antara lain dengan mendirikan berbagai dewan seperti berikut:
- Dewan Banteng di sumatra Barat yang dipimpin oleh letna kolonel Achmad Husein.
- Dewan Manguni di sulawesi Utara ytang dipimpin oleh letnan kolonel Vince samuel.
- Dewan Gajah di sumatra Utara yang dipimpin oleh kolonel Malaudin Simnolon.
- Dewan Garuda di sumatra Selatan, pendirinya adlah golongan politik tertentu yang didukung letna kolonel Barlian dan aktivitasnya dipimpin oleh Mayor Nawawi.
Pemerintah berusaha menyelaikan persoalan di daerah-daerah secara damai, namun mereka tetap berkeinginan memisahkan diri dari pemerintah pusat. Pada tanggal 10 Febuari 1958 ketua dewan Banteng letnan kolonel Achmad Husein mengeluarkan ultimatum agar kabinet juanda mengunduhkan diri secepatnya. karena ultimatumnya tidak ditanggapi pemerintah pusat,Pada tanggal 15 Febuari 1958, letnan kolonel Achmad Husein segera memproklamasikan berdirinya pemerintah revolusioner Republik Indonesia [PRRI] dengan Syafruddin Prawiranegara sebagai perdana mentri. pusat kedudukan PRRI berada di Bukittinggi.
Pemerintah bertindak tegas menghadapi berbagai pemberontakan itu. Komando Daerah Militer Sumatra Tengah segera dibekukan,letna kolonel Achmad Husein dan kawan-kawanya dipecat dengan tidak hormat dari dinas militer.
Oleh karena usaha penyelesaian secara damai tidak berhasil, pemerintah terpaksa menggunakan operasi. Operasi penumpasan pemberontakan PRRI diberi nama sandi Operasi 1 Agustus yang dipimpin kolonel Ahmad Yani.
Secara bertahap pasukan pemerintah berhasil merebut kota-kota yang dikuasai PRRI. pada tanggal 4 mei 1958 pusat pertahanan para pemberontak di Bukittinggi dapat direbut dan sisa-sisa pasukanya dapat dihancurkan.
pergolokan juga terjadi Sulawesi Utara. pada tanggal 17 Febuari 1958, letnan kolonel D.J. Somba sebagai komandan komando Daerah militer Sulawesi Utara dan Tengah [KDMSUT] memuntuskan hubungan dengan pemerintah pusat. Ia menyatakan berdirinya gerakan perjuaangan rakyat semesta [permesta],dan dengan terang-terangan mendukung PRRI.
Operasi militer segera dilakukan dengan diberi sandi Operasi saptamarga dan Operasi Merdeka. Operasi militer ini dipimpin letna kolonel Rukmito Hendraningrat. Operasi militer yang dilancarkan sejak April Agustus 1958 berhasil menghancurkan para pemberontak permesta. pemberontakan permesta mendapat bantuan dari kekuatan asing, seperti Amerika serikat dan negara-negara Barat. Hal ini dibuktikan dengan serangan udara yang dilakukan pilot berkebangsaan Amerika serikat, Allian pope. Namun, pesawat yang dikemudikannya berhasil ditembak jatuh oleh pasukan APRI Adan AURI.