1. Menimbulkan pencemaran lingkungan
Penggunann bioteknologi yang tidak bertanggung jawab dapat menyebabkan pencemaran, misalnya pembuangan limbah kecap dan tempe, yang langsung ke saluran air tanpa dikelola dengan baik.
2. Beresiko Kepunahan
Pada teknologi bioteknologi ini kemudian juga dapat menyebabkan berkurangnya pada keanekaan plasma nutfah. Hal ini akan menyebabkan berkurangnya keanekaragaman jenis – jenis mahkluk hidup yang berada di suatu wilayah. Efek lainnya juga akan menyebabakan budidaya pada hewan dan tumbuhan sehingga jika berlangsung dengan lama akan menyebabkan pemusnahan. Jika hal ini terjadi terus menerus kemudian akan membuat budidaya yang akan dilakukan memiliki tujuan hanya agar selalu mendapatkan keuntungan semata tanpa mempertimbangkan resiko.
3. Kerusakan Ekosistem yang Merugikan Mahluk Lain
Pada penerapan teknologi bioteknologi juga memiliki efek samping dimana dapat merusak habitat pada lingkungan hidup. Pada bagian penerapan ini kemudian akan menjalar kepada kerusakan yang terjadi di ekosistem. Pada tanaman yakni misalnya pada bunga matahari saat ini telah banyak dilakukan rekayasa genetik dengan penerapan bioteknologi. Proses ini akan menghasilkan panen yang dinilai memperoleh banyak jenis maupun varietas yang unggul. Namun banyak para pengamat lingkungan jika hal ini dapat merugikan mahluk hidup lain diantaranya adalah kupu kupu serta serangga lain diantaranya adalah lebah maupun kumbang. Pada hewan yang membantu penyerbukkan ini akan membunuh para kupu – kupu sehingga menyebabkan kematian.
4. Berkurangnya keanekaragaman hayati
Gen dari tanaman atau hewan yang mengalami rekayasa genetika dapat masuk ke tanaman atau hewan di alam, melalui perkembangbiakan seksual, misalnya penyerbukan pada tanaman.
Misalnya, kedelai yang dimodifikasi agar tahan pestisida memiliki resiko melakukan perkawinan silang dengan kedelai alami. Ini akan berakibat pada hilangnya varietas alami akibat perkawinan silang. Padahal varietas alami memiliki keunggulan, meski tidak tahan pestisida, seperti rasa yang lebih enak atau lebih besar bijinya.