Setiap tahap dari produksi vaksin wajib mengikuti kaidah GMP (Good Manufacturing Practice) dan diawasi ketat oleh lembaga yang berwenang. WHO (Badan Kesehatan Dunia) telah mengeluarkan peraturan ini sehingga vaksin yang diproduksi oleh perusahaan manapun di setiap belahan negar akan memiliki kualitas yang sama. Produk perlu dilindungi dari udara, air dan kontaminasi manusia. Lingkungan perlu dilindungi dari tumpahan antigen. Proses kendali mutu vaksin dilakukan dengan sangat ketat, konsisten dan berkala. Secara acak dipilih vaksin yang akan diperiksa kualitasnya. Indikator yang diperiksa adalah sterilitas, stabilitas kimiawi, keamanan/ toksisitas, virulensi, bahkan hingga pengaruhnya kepada lingkungan sekitar. Salah satu hal penting lainnya adalah pelaksanaan uji lot / batch release. Pada setiap rangkaian produk vaksin dalam suatu waktu tertentu, dilakukan penandaan berupa kode tertentu misalnya lot/ batch number untuk memastikan konsistensi kemurniaan, potensi dan keamanan vaksin yang diproduksi pada waktu berlainan tetaplah sama dan tidak terjadi penyimpangan.