Adapun tujuan Audit Sistem Informasi antara lain sebagai berikut:
1. Mengamankan Aset
Aset SI merupakan aset yang harus diamankan karna menyangkut hal yang sangat penting yang harus dipenuhi oleh perusahaan. seperti perangkat keras (hardware), perangkat lunak (software), sumber daya manusia, file data harus dijaga oleh suatu sistem pengendalian internal yang baik agar tidak terjadi penyalahgunaan aset perusahaan.
2. Menjaga Integritas Data
Integritas data merupakan hal yang sangat penting dan bagian salah satu konsep dasar sistem informasi. Data memiliki atribut-atribut tertentu seperti: kelengkapan, kebenaran, dan keakuratan. Jika integritas data tidak terpelihara, maka suatu perusahaan tidak akan lagi memilki hasil atau laporan yang benar bahkan perusahaan dapat mengalami kerugian.
3. Efektifitas Sistem
Efektifitas sistem informasi perusahaan memiliki peranan penting dalam proses pengambilan keputusan. Suatu sistem informasi dapat dikatakan efektif bila sistem informasi tersebut telah sesuai dengan kebutuhan user. Biasanya audit efektivitas sistem dilakukan setelah suatu sistem berjalan beberapa waktu. Manajemen dapat meminta auditor untuk melakukan post audit guna menentukan sejauh mana sistem telah mencapai tujuan.
4. Efisiensi Sistem
Efisiensi Sistem Informasi menjadi hal yang sangat penting ketika suatu komputer tidak lagi memilki kapasitas yang memadai atau harus mengevaluasi apakah efisiensi sistem masih memadai atau harus menambah sumber daya, karena suatu sistem dapat dikatakan efisien jika sistem informasi dapat memenuhi kebutuhan user dengan sumber daya informasi yang minimal. Pada kenyataannya, sistem informasi menggunakan berbagai sumberdaya, seperti mesin, dan segala perlengkapannya, perangkat lunak, sarana komunikasi dan tenaga kerja yang mengoperasikan sistem tersebut.