Pada potongan melintang, tampak tiga daerah yang berbeda, yaitu kulit ginjal (korteks), sumsum ginjal (medula), dan rongga ginjal (pelvis). Kulit ginjal terletak dibagian luar, sumsum ginjal dibagian tengah, dan rongga ginjal dibagian paling dalam. Rongga ginjal disebut pula piala ginjal.
Pada bagian kulit ginjal (koteks) terdapat alat penyaring darah, yang disebut nefron. Diperkirakan dalam setiap ginjal terdapat satu juta nefron. Setiap nefron tersusun dari Badan Malpighi dan saluran panjang (tubulus atau tubula) yang bergelung.
Badan Malpighi tersusun dari glomerulus dan simpai Bowman (kapsula Bowman). Glomerulus berupa anyaman pembuluh kapiler darah. Sedangkan simpai Bowman berupa cawan berdinding tebal yang mengelilingi glomerulus. Jadi, didalam simpai bowman terdapat glomerulus. Saluran panjang yang bergelung (tubulus) dikelilingi oleh pembuluh-pembuluh kapiler darah.
Tubulus yang letaknya dekat badan Malpighi disebut tubulus proksimal. Tubulus yang letaknya jauh dari badan Malpighi disebut tubulus distal. Tubulus proksimal dan tubulus distal dihubungkan oleh lengkung Henle atau angsa Henle. Lengkung Henle ini berupa pembuluh menyerupai leher angsa yang turun kearah medula ginjal, kemudian naik kembali menuju korteks ginjal. Bagian akhir dari tubulus ginjal adalah saluran (tubulus) pengumpul yang terletak pada sumsum ginjal.