Fungsi utama stomata yaitu pertukaran gas seperti karbon dioksida, uap air, dan oksigen. Selain itu, stomata berperan dalam fotosintesis, transportasi air tanaman dan pertukaran udara. Selain itu, fungsi stomata pada tumbuhan yaitu:
- Sebagai celah pada tumbuhan dalam pertukaran gas dan penguapan pada tumbuhan. Stomata terletak pada permukaan daun dan dibawah permukaan daun. Pada daun mengapung stomata lebih banyak terletak pada bagian atas permukaan daun, sedangkan pada tumbuhan darat, stomata lebih banyak terletak pada bagian bawah daun. Hal ini berfungsi untuk mengurangi penguapan.
- Mengatur pertukaran gas antara oksigen dan karbon dioksida pada daun, hal ini dibutuhkan dalam mengatur jalur metabolisme seperti fotosintesis dan respirasi anaerobik dalam sel tumbuhan.
- Stomata tumbuhan baru bisa berfungsi jika ada air pada sel penjaga. Saat sel penjaga (tergenang) oleh air akan menekuk dan membuka celah diantaranya. Celah tersebut kemudian disebut stomata yang memungkinkan terjadinya pertukaran gas dan air. Saat sel penjaga terpapar asam absisat yang larut dalam selnya dan mengalami kekeringan celah yang ada akan tertutup karena sel penjaga merapat satu sama lain.
- Fungsi stomata pada tumbuhan berkurang saat terpapar ozon secara berlebih. Hal ini terjadi karena stomata lebih sensitif terhadap penyerapan ozon. Sedangkan ozon bisa mengganggu proses respirasi pada daun tumbuhan. Hal lain yang terganggu yakni kemampuan sel penjaga pada stomata tumbuhan dalam mengembalikan volume air setelah terjadi turgor.